Сюжет второй «Дюны» стартует с того же места, где закончилась первая часть. Пол и Джессика Атрейдесы скрываются в пустыне Арракиса вместе с фрименами. Юноша учится выживать в суровых условиях и постигает традиции коренных жителей. В народе появляются слухи, что Пол — Лисан аль-Гаиб, их пророк из другого мира. Он может стать лидером масштабного восстания, однако сам парень не хочет брать на себя такую ответственность.